عرض تفاصيل البحث

ادناه جميع التفاصيل الخاصة بالبحث المطلوب عرضه. توفر هذه المنصة معلومات اساسية حول البحث, لمزيد من التفاصيل يرجى متابعة التصفح من خلال الضغط على الرابط الاصلي للبحث او رابط DOI.

عنوان البحث
Construction Of Dynamic Protein Interaction Network Based On Gene Expression Data And Quartile One Principle
عنوان المجلة
Proteins: Structure, Function And Bioinformatics
ISSN-0887-3585
تفاصيل النشر
سنة النشر - 2022 / الفهرس الاصلي للمجلة - 90 : 5 (عدد الصفحات 10)
تصنيف البحث
Bioinformatics - المجموعة العلمية
رابط DOI
https://doi.org/10.1002/prot.26304
رابط البحث
فتح في موقع المجلة الرسمي
البحث والاستدامة
الهدف 3 – الصحة الجيدة والرفاه   المزيد حول هذا الهدف
البحث والمجتمع
نعم , يدعم
الكلمات المفتاحية
(DPINs), 3-sigma method ,a quartile one (q-one) method

اسم الباحثجهة الانتساببلد الباحث
سهيل نوري جامعة كربلاء العراق
ايمان الشمري جامعة بابل العراق

Real protein interaction network (PIN) is dynamic. Researchers created dynamic PIN by combining static PIN with gene expression data to explain the dynamicity evolution of protein interactions. However, all available approaches failed to recognize low- or high-expression proteins as active proteins. Therefore, determining an adequate threshold is one of the system s biological challenges. In this study, a quartile one (q-one) method is proposed to determine the active time points for each protein according to its expression value s features and construct dynamic protein interaction networks (DPINs) in which a protein is added to the network if it is active in two successive time points. This leads to reduce the number of DPINs to half. The efficiency of the q-one approach and three-sigma (3-sigma) method in detecting protein complexes is evaluated using Markov cluster method, clique percolation method, and ClusterONE algorithms. In most cases, q-one outperforms the 3-sigma method in recall, precision and F-measure. This is in addition to its ability to reveal the dynamicity within the protein–protein interaction network and identify essential proteins.